После того, как часть команды принялась за воплощение в жизнь всего выше перечисленного, другая её часть начала работать над продолжением основной сюжетной линии, отправной точкой для которой стало включение Очистителя. Разработчикам было необходимо придумать убедительную историю о жизни в Пустоши после того, как всё её население получило доступ к чистой (или заражённой ФЭВ) воде. Эта задача оказалась одной из наиболее сложных, так как время на подготовку Broken Steel было ограничено жёсткими сроками. Кроме всего прочего нужно было дать чёткие ответы на вопросы вроде: когда должны начаться события нового аддона? Через день? Недели? Месяцы? Попал ли ФЭВ в воду или нет? Если да, то как это повлияло на игровую вселенную? Будет ли знать население Пустоши о том, кто заразил воду? Что произойдёт с ключевыми персонажами в Fallout 3? Где они будут находиться? Был ли уничтожен Рейвен Рок? Если нет, то что с ним произошло? Будут ли использоваться старые локации в новой сюжетной линии? Необходимы ли новые локации? Как будет выглядеть Очиститель после запуска? Каким образом распространяется новая вода, и если распространяется, то кем? Где Прайм и что он делает? Что случилось с Анклав? Покинули ли они Округ Колумбия? После нескольких сессий мозговых атак, команде Bethesda удалось ответить на все эти и многие другие вопросы. После этого они сверились с текущим графиком и оценили возможность реализации всего того, что было задумано. После того, как всё было утрясено и стало чётко ясно, какой объём работ можно будет выполнить до выпуска дополнения, начался процесс непосредственной разработки Broken Steel.

В плане создания уровней и заданий основной целью студии при написании сюжета было сконцентрировать все дальнейшие события в Fallout 3 на главном герое, а также его решении, как именно закончится игра. У разработчиков не было никакого желания заставлять игроков сопровождать NPC из точки А в точку Б или же сражаться на стороне той или иной группы на протяжении всех аддонов. По большей части подобные задания имели разовый характер и Bethesda постарались приложить все возможные усилия для того, что бы в новом аддоне у игрока сохранялся доступ ко всему, что имел их персонаж в основной игре, включая последователей (в отличие от Operation Anchorage и The Pitt). Их основным стремлением было использовать как можно большее количество уже существующих локаций в Fallout 3 для того, что бы сюжет по-прежнему ассоциировался со Столичной Пустошью, а также создать несколько новых мест для исследования. Как бы там ни было, все новые локации должны были соответствовать общей стилистике Столичной Пустоши и производить такое впечатление, как будто бы были в игре всегда. К примеру, одно из заданий в Broken Steel приведёт игрока в уже известный городок Олд Олни, для которого был добавлен новый геймплей.